深呼吸时腰疼可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因：
1.腰部肌肉劳损：长时间保持一个姿势或过度使用腰部肌肉，可能导致腰部肌肉劳损。深呼吸时，腹部肌肉收缩，可能加重腰部肌肉的负担，引起疼痛。
2.腰椎间盘突出：腰椎间盘突出时，突出的椎间盘可能压迫神经根，导致腰部疼痛。深呼吸时，胸廓扩张，可能加重神经根的受压，引起腰疼。
3.肾脏疾病：如肾结石、肾盂肾炎等，可能导致腰部疼痛。深呼吸时，肾脏受到刺激，可能加重疼痛。
4.脊柱疾病：如脊柱侧弯、强直性脊柱炎等，可能导致腰部疼痛。深呼吸时，脊柱的活动可能加重疼痛。
5.其他原因：如腹部疾病、盆腔疾病等，也可能引起腰部牵涉痛。
如果出现深呼吸时腰疼的症状，建议及时就医，进行详细的检查，如腰椎X光、CT、MRI等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，应注意休息，避免腰部过度劳累，保持良好的姿势。