深呼吸后腰两侧疼，可能与以下原因有关：
1.腰部肌肉劳损：如果长期从事重体力劳动或剧烈运动，可能导致腰部肌肉劳损，在深呼吸时，可能会牵拉腰部肌肉，引起疼痛。
2.腰椎间盘突出：当腰椎间盘发生退行性改变时，可能会导致纤维环破裂，髓核突出，刺激或压迫神经根，从而引起腰部疼痛，深呼吸时疼痛可能会加重。
3.肾脏疾病：如肾炎、肾结石等，也可能导致深呼吸后腰两侧疼。
4.其他：胸膜炎、肺炎等疾病也可能引起深呼吸时腰部疼痛。
如果深呼吸后腰两侧疼的症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确病因，并进行针对性治疗。同时，在日常生活中，应注意休息，避免过度劳累，避免长时间保持同一姿势，注意腰部保暖，避免腰部受寒。如果疼痛严重，可以在医生的指导下服用非甾体类抗炎药，如布洛芬、双氯芬酸钠等，缓解疼痛症状。