小便尿不干净可能由多种原因引起。比如男性常见的前列腺炎，在成年男性中发病率较高，有数据显示约50%的男性在一生中会受到前列腺炎的影响。而女性出现这种情况可能与尿道炎有关，尤其是在性生活活跃期的女性，尿道炎的发生率相对较高。
一、泌尿系统感染导致
膀胱炎： 膀胱受到细菌等病原体感染时，会出现膀胱黏膜充血、水肿，导致膀胱的储尿和排尿功能异常，从而出现小便尿不干净的感觉，同时可能伴有尿频、尿急等症状。一般尿常规检查会发现白细胞增多。尿道炎： 尿道被病菌侵袭后，炎症刺激会使尿道黏膜敏感性增高，出现排尿不尽感，还可能有尿道瘙痒、尿痛等表现，尤其在女性中，由于尿道短而直，更容易发生尿道炎。
二、前列腺相关问题引起
良性前列腺增生： 多见于50岁以上的男性，随着年龄增长，发病率逐渐升高。前列腺增生会压迫尿道，使尿道狭窄，尿液排出受阻，就会出现尿不干净的情况，还可能伴有进行性排尿困难，如排尿等待、尿线变细等。前列腺炎： 除了上述泌尿系统感染的因素外，前列腺炎也会导致小便尿不干净，尤其慢性前列腺炎，症状较为反复，可能还会出现会阴部坠胀、疼痛等不适。
三、其他原因导致
膀胱结石： 如果膀胱内有结石，结石会刺激膀胱黏膜，并且阻碍尿液的顺利排出，导致小便尿不干净，部分患者还可能出现排尿中断的现象，变换体位后可能又能继续排尿。神经源性膀胱： 由于神经系统病变，如脊髓损伤、糖尿病神经病变等，影响了膀胱的神经支配，导致膀胱的收缩和舒张功能异常，出现排尿不尽的情况，这类情况往往还伴有原发病的相关表现，比如脊髓损伤患者可能有肢体活动障碍等。