在军训中，因鞋子不合脚导致脚上磨出泡，可采取以下措施：
1.对水泡进行处理：如果水泡较小，没有破损，可以等待其自行吸收。如果水泡较大，需要用消毒后的针将其挑破，放出疱液，但要注意避免撕破疱壁。然后，用消毒棉签轻轻挤压，挤出疱液，再用碘酒、酒精等消毒药水涂抹伤口，最后用消毒纱布包扎。
2.保持伤口清洁干燥：在伤口未愈合前，要避免沾水，以免感染。如果需要洗脚，可以在洗脚后用干净的毛巾擦干伤口周围的水分，然后涂抹药膏。
3.选择合适的鞋子：在军训期间，应选择合适尺码、舒适的鞋子，避免鞋子过紧或过硬。如果鞋子不合适，可以在鞋子里垫上一些柔软的垫子，以减轻脚部的压力。
4.注意休息：在军训期间，要注意休息，避免长时间站立或行走。如果脚部感到疲劳，可以适当坐下休息，活动一下脚部，以促进血液循环。
5.使用药物：如果脚部疼痛较为明显，可以在医生的指导下使用一些药物，如止痛药、消炎药等。
6.看医生：如果水泡出现感染、红肿、化脓等症状，或者脚部疼痛无法缓解，应及时就医，以便进行进一步的治疗。
总之，在军训中，要注意保护脚部，避免受伤。如果出现水泡等情况，应及时进行处理，以免影响军训的进行。