甲减的治疗疗程个体差异较大，一般需要长期甚至终身服药，部分因短暂因素导致的甲减可能在去除诱因后恢复，但多数原发性甲减需长期维持治疗。
一、原发性甲减治疗时长
原发性甲减通常需终身服用左甲状腺素钠片补充甲状腺激素，治疗目标是将血清促甲状腺激素（TSH）和甲状腺激素水平恢复到正常范围，一般起始治疗后 4 - 6 周需复查甲状腺功能，根据结果调整药物剂量，达标后可能需长期维持，且需定期监测调整。
二、继发性甲减治疗情况
由垂体或下丘脑病变引起的继发性甲减，在治疗原发病的基础上补充甲状腺激素，治疗周期也较长，需根据甲状腺功能调整药物，多数也需长期用药维持甲状腺激素水平正常。
三、暂时性甲减情况
某些情况如亚急性甲状腺炎恢复期出现的暂时性甲减，部分患者甲状腺功能可能恢复，治疗时长不定，一般需密切监测甲状腺功能变化，可能数月至半年左右观察甲状腺功能恢复情况，但也有部分患者会转为永久性甲减需长期治疗。
四、特殊人群甲减治疗注意
老年甲减患者治疗时需缓慢调整药物剂量，避免药物过量引起心脏等不良反应；孕妇甲减需严格控制甲状腺功能，保证胎儿正常发育，治疗过程中要频繁监测甲状腺功能调整药物，其治疗时长取决于孕期甲状腺功能控制情况，产后可能也需根据情况调整药物剂量。