一、涵盖人群差异
二价宫颈癌疫苗：主要针对HPV16和HPV18这两种高危型别，适合的接种年龄范围是9~45岁女性。HPV16和HPV18型别在全球范围内引发宫颈癌的比例较高，约70%的宫颈癌由这两种型别导致。
四价宫颈癌疫苗：覆盖了HPV6、11、16、18型别，其中HPV6和HPV11不属于高危型别，但可引起生殖器疣，适合的接种年龄是20~45岁女性。相比二价疫苗，四价疫苗能预防更多引起生殖器疣的低危型别HPV。
二、预防疾病种类区别
二价宫颈癌疫苗：主要预防由HPV16和HPV18型别引起的宫颈癌，据相关研究，这两种型别导致的宫颈癌病例占比较大，在全球宫颈癌发病中占据重要比例。
四价宫颈癌疫苗：除了能预防由HPV16和HPV18型别引起的宫颈癌外，还能预防由HPV6和HPV11型别引起的约90%的生殖器疣。HPV6和HPV11虽然不是高危型别，但会引起良性的生殖器疣病变，给患者带来身体和心理上的影响。
三、接种程序不同
二价宫颈癌疫苗：一般采用0、1、6个月的接种程序，即第一针接种后，间隔1个月接种第二针，间隔6个月接种第三针，共接种3针。
四价宫颈癌疫苗：也是采用0、2、6个月的接种程序，第一针接种后，间隔2个月接种第二针，间隔6个月接种第三针，同样是接种3针。
四、安全性与有效性比较
安全性：两者在安全性方面都经过了大量的临床研究验证。二价和四价疫苗常见的不良反应类似，主要包括接种部位的疼痛、红肿、硬结，以及全身的乏力、发热、头痛等轻微反应，这些不良反应大多是短暂且轻微的，严重不良反应发生概率极低。
有效性：二价疫苗对HPV16和HPV18型别引起的宫颈癌的预防有效性经过长期临床观察，能达到较高的保护率，在疫苗覆盖的型别相关疾病预防上效果确切。四价疫苗对于HPV6、11、16、18型别的预防，包括对宫颈癌和生殖器疣的预防有效性也得到了临床研究的支持，例如在预防HPV6、11引起的生殖器疣方面有较好的保护作用，对HPV16、18引起的宫颈癌等疾病的预防也有相应的保护率数据支撑。
特殊人群注意事项
孕妇：孕期不建议接种宫颈癌疫苗，因为目前缺乏足够的孕期接种宫颈癌疫苗的安全性数据，为了避免可能对胎儿产生的未知影响，孕妇应避免接种。如果在接种疫苗期间发现怀孕，应暂停后续接种，待分娩后再继续完成接种程序。
哺乳期女性：哺乳期女性可以接种宫颈癌疫苗，目前没有证据表明宫颈癌疫苗会对哺乳期婴儿产生不良影响，但接种后需密切观察自身和婴儿的情况，如有异常及时就医。
对疫苗成分过敏者：如果既往对接种过的疫苗成分有严重过敏史，比如对酵母等疫苗生产过程中涉及的成分过敏，则不适合接种二价或四价宫颈癌疫苗。在接种前应详细告知医生自己的过敏史，由医生评估是否可以接种。