口腔溃疡的用药需根据具体情况选择，常见的有局部用的含漱液、含片、散剂等，如氯己定含漱液可抗菌，西地碘含片有杀菌抗炎作用，冰硼散能清热解毒、消肿止痛等，但不存在绝对最好的药，要根据个体情况选。
一、轻型口腔溃疡用药
轻型口腔溃疡具有自限性，一般1 - 2周可自愈。局部可使用复方氯己定含漱液，它能抑制口腔内细菌生长，减轻炎症反应，缓解疼痛。
二、重型口腔溃疡用药
重型口腔溃疡持续时间长，可达数月。可局部使用糖皮质激素制剂，如醋酸地塞米松粘贴片，能起到抗炎、抗过敏的作用，促进溃疡愈合，但长期使用需谨慎，特殊人群如孕妇等使用前需咨询医生。
三、复发性口腔溃疡用药
复发性口腔溃疡容易反复发作。可以使用重组人表皮生长因子凝胶，能促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加快溃疡愈合。
四、儿童口腔溃疡用药
儿童口腔溃疡需格外谨慎，可选用安全性高的药物，如儿童型的西瓜霜喷剂，它具有清热解毒、消肿止痛的功效，能缓解儿童口腔溃疡的疼痛，但使用时要避免儿童误吞。
五、老年人口腔溃疡用药
老年人常伴有一些基础疾病，用药需考虑药物相互作用。可使用康复新液，它能促进肉芽组织生长，促进溃疡创面修复，对老年人口腔溃疡有一定的治疗作用，但需在医生指导下使用，尤其要注意与其他正在服用药物的相互影响。