口腔溃疡常用的药物有局部用药和促进愈合的药物等，一般来说局部使用西瓜霜喷剂等可能在几天内缓解症状，比如使用西瓜霜喷剂后，大多数人能在1~2周内让口腔溃疡逐渐愈合。
局部消炎类药物
复方氯己定含漱液：它能有效杀灭口腔内的细菌，起到消炎的作用。使用时取10毫升左右含漱，一次含漱1~2分钟，每天含漱3~4次。不过，孕妇和对氯己定过敏的人要避免使用。西地碘含片：西地碘含片含有的碘分子具有杀菌抗炎的功效。含服时，一次1片，一天3~5次。但对碘过敏者禁用，孕妇及哺乳期妇女要在医生指导下使用。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶：它可以促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加快溃疡面的愈合。使用时清洁口腔后，取适量凝胶涂抹在溃疡表面，一天使用4次左右。不过，对凝胶过敏的人不能用。维生素B2片：虽然维生素B2片是口服药，但也能辅助口腔溃疡的愈合。一般成人一次口服5毫克，一天3次。不过，过量服用可能会出现皮肤瘙痒、尿液发黄等情况，所以不能自行过量服用。
止痛类药物
利多卡因凝胶：如果口腔溃疡疼痛比较剧烈，可使用利多卡因凝胶来暂时止痛。使用时轻轻涂抹在溃疡表面，能起到麻痹神经、缓解疼痛的作用，但不能频繁使用，而且儿童要慎用。苯佐卡因凝胶：苯佐卡因凝胶也有止痛效果，涂抹在溃疡处能快速减轻疼痛。不过，使用后可能会有局部灼热感等不适，婴幼儿要避免使用。