附件囊肿的药物治疗需根据具体情况而定，一般来说，常用药物有避孕药等，但药物消囊肿并非对所有附件囊肿都有效，且用药需在医生指导下进行。
生理性附件囊肿
生理性附件囊肿如卵泡囊肿、黄体囊肿等，部分可自行消退，通常无需特殊药物治疗，定期复查观察其变化即可。若考虑与激素波动相关，有时可在医生评估下短时间使用避孕药等调节激素，但需注意其可能的副作用。
炎症性附件囊肿
由炎症引起的附件囊肿，可能会使用抗生素治疗炎症，从而有助于囊肿的改善。但抗生素的使用需依据具体的病原体等情况，由医生精准选择合适的抗生素。
子宫内膜异位症相关附件囊肿
对于子宫内膜异位症导致的附件囊肿，可能会用到GnRH-a等药物，这类药物能通过抑制激素水平来缩小囊肿，但长期使用可能有一些副作用，需在医生密切监测下使用，且特殊人群如绝经前女性使用时要考虑对骨密度等的影响。
肿瘤性附件囊肿
如果是肿瘤性附件囊肿，一般药物治疗效果不佳，多需手术治疗。但在某些特殊情况下，可能会辅助使用一些药物进行术前准备等，但总体而言，手术是主要的治疗手段，药物并非主要的消囊肿方式。特殊人群如孕妇发现附件囊肿时，用药需格外谨慎，要充分评估药物对胎儿的影响，多倾向于先观察，根据具体情况再做进一步处理。