甲状腺疾病有多种分类标准，常见的比如按功能状态分类。甲状腺功能亢进类疾病，像Graves病，约占所有甲状腺功能亢进病例的80% - 85%，是自身免疫性疾病，机体产生针对甲状腺的抗体，刺激甲状腺过度分泌甲状腺激素。
按病因分类
自身免疫性甲状腺疾病： 这类疾病是由于自身免疫系统错误地攻击甲状腺引起。例如桥本甲状腺炎，它是一种慢性自身免疫性甲状腺炎症，患者体内会产生甲状腺过氧化物酶抗体等自身抗体，破坏甲状腺细胞，逐渐导致甲状腺功能减退。还有Graves病，除了有甲状腺功能亢进的表现外，也与自身免疫有关。感染性甲状腺疾病： 由细菌、病毒等病原体感染甲状腺引发。比如亚急性甲状腺炎，常继发于上呼吸道感染，病毒感染导致甲状腺滤泡破坏，释放甲状腺激素，出现甲状腺疼痛、肿大等症状，一般病程在数周 - 数月。
按甲状腺形态分类
弥漫性甲状腺疾病： 甲状腺整体呈现弥漫性肿大，质地可能有变化。像Graves病患者的甲状腺多为弥漫性肿大，表面光滑，质地中等。而桥本甲状腺炎早期也可能是弥漫性肿大，后期可能质地变硬。结节性甲状腺疾病： 甲状腺出现结节样病变。结节有单发或多发之分，结节性甲状腺肿较为常见，可能与碘摄入异常等因素有关，结节大小不一，有的结节可能为良性，有的有恶变风险，需要通过超声等检查进一步评估结节性质。
按功能状态分类
甲状腺功能亢进症： 甲状腺激素合成和分泌过多，导致机体代谢亢进。除了Graves病外，毒性结节性甲状腺肿、甲状腺自主高功能腺瘤等也可引起甲状腺功能亢进，患者会出现怕热、多汗、心悸、体重减轻等症状。甲状腺功能减退症： 甲状腺激素合成、分泌或生物效应不足。常见原因有桥本甲状腺炎发展到后期、甲状腺手术切除过多甲状腺组织、放射性碘治疗后等，患者表现为畏寒、乏力、反应迟钝、体重增加等。