甲状腺结节的分类标准主要有以下几种方式。首段：甲状腺结节可以通过超声检查等进行分类，一般来说，超声检查是评估甲状腺结节的常用手段，约70%-80%的甲状腺结节通过超声就能初步分类。
超声表现分类
根据回声分类： 分为低回声结节、等回声结节、高回声结节和混合回声结节。低回声结节相对恶性的可能性稍高一些，而高回声结节多数为良性。根据形态分类： 包括规则形和不规则形结节。规则形结节良性的概率较大，不规则形结节需要进一步关注，可能需要结合其他检查来判断性质。
细胞学分类
根据细针穿刺细胞学检查（FNAC）分类： 分为6类。1类为阴性，基本可排除恶性；2类为良性；3类为可能良性，需短期随访；4类又分为4a、4b、4c，4a恶性可能性为3%-30%，4b为30%-60%，4c为60%-90%；5类为高度怀疑恶性，恶性可能性>90%；6类为已活检证实的恶性结节。
病因分类
根据病因分为： 增生性结节性甲状腺肿，多与碘摄入异常等有关，比如碘缺乏地区容易出现这类结节；肿瘤性结节，包括良性肿瘤如甲状腺腺瘤和恶性肿瘤如甲状腺癌；囊肿，是甲状腺内含有液体的囊状物；炎症性结节，多由甲状腺炎引起，如亚急性甲状腺炎可能会伴随炎性结节的出现。