卵巢畸胎瘤的治疗主要以手术为主，一旦确诊，通常建议尽早手术切除。对于良性卵巢畸胎瘤，手术方式多为患侧卵巢畸胎瘤剔除术，这类手术创伤相对较小，恢复较快。而对于成熟性囊性畸胎瘤，手术切除后一般预后较好，但有复发可能，复发率约为2%~4%。
手术治疗方式
单侧卵巢畸胎瘤剔除术：适用于年轻、有生育需求的患者，通过手术将卵巢上的畸胎瘤完整剥除，尽可能保留正常卵巢组织，术后患者仍有怀孕生育的可能。一般来说，术后恢复顺利的话，1个月左右基本能恢复正常生活。双侧卵巢畸胎瘤手术：如果双侧都有畸胎瘤，会根据肿瘤情况和患者生育需求等综合考虑手术方式，可能需要部分卵巢组织切除，但会尽量保留足够的卵巢组织以维持内分泌功能。
特殊情况的处理
绝经后女性卵巢畸胎瘤：绝经后的女性患卵巢畸胎瘤时，由于其内分泌功能衰退，手术时更要谨慎评估手术范围。因为这时候卵巢功能已不占主导，手术主要是切除肿瘤，防止肿瘤发生恶变等情况，手术风险相对年轻患者可能有所不同，但总体也是以切除肿瘤为主要目的。妊娠合并卵巢畸胎瘤：妊娠期间发现卵巢畸胎瘤，如果肿瘤较小且没有引起明显症状，可密切观察，待分娩后再择期手术；如果肿瘤较大，在妊娠中期时可考虑手术切除，因为妊娠早期手术易引起流产，妊娠晚期手术可能会导致早产，所以要根据具体孕周和肿瘤情况由多学科团队共同评估决定。
非手术治疗情况
未成熟畸胎瘤的辅助治疗：对于未成熟畸胎瘤，手术切除后通常需要辅助化疗。未成熟畸胎瘤有恶变潜能，化疗可以降低复发风险和转移几率。一般会根据肿瘤的分期等情况制定化疗方案，常用的化疗药物有依托泊苷、顺铂等联合方案，化疗周期通常需要2~4个周期不等。良性畸胎瘤的定期复查：对于一些非常小的、没有任何症状且医生评估为良性可能性极大的畸胎瘤，在充分告知病情风险后，也可以考虑定期复查，观察肿瘤变化情况。复查一般建议3~6个月进行一次超声检查等，监测肿瘤大小、形态等是否有变化。