尿结石形成的原因较为复杂，主要与代谢、局部因素以及药物等有关。一般来说，尿液中一些物质浓度过高，超出了尿液的溶解能力，就容易形成结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排泄增多，就可能增加尿结石形成风险。
代谢异常相关因素
尿液成分改变：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增加，长期高钙饮食、甲状旁腺功能亢进等都可能导致尿钙增多，进而增加钙盐结石形成几率。正常情况下，成人24小时尿钙排泄量一般在200 - 300mg，如果超过这个范围就可能有风险。尿pH值影响：尿液酸碱度对结石形成也有影响。尿酸结石和胱氨酸结石多在酸性尿中形成，而磷酸镁铵结石则在碱性尿中形成。比如，尿酸结石患者尿液pH值通常低于5.5，而磷酸镁铵结石患者尿液pH值多高于7.2。
局部因素相关情况
尿路梗阻：尿路梗阻会导致尿液淤积，使尿液中的晶体更容易沉积，从而促进结石形成。像先天性肾盂输尿管连接部狭窄、尿道狭窄等都可能引起尿路梗阻。有研究发现，尿路梗阻患者发生尿结石的几率比正常人高很多，大约是正常人的2 - 3倍。感染因素：泌尿系统感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使结石形成。例如，变形杆菌、葡萄球菌等细菌可分解尿素，使尿液碱化，促进磷酸镁铵及磷灰石沉积。而且感染的尿液中还可能存在一些物质，会改变尿液的理化性质，增加结石形成的可能性。
药物相关因素
某些药物导致：一些药物服用后可能会增加尿结石形成风险。比如氨苯蝶啶、茚地那韦、硅酸盐等药物，长期服用这些药物可能会影响尿液的成分或理化性质，从而诱发结石。像茚地那韦是一种抗病毒药物，长期服用可能会导致尿液中药物浓度过高，析出结晶形成结石。