上颌骨囊肿手术可能出现一些后遗症，比如感染，据统计，手术过程中若消毒不严格或术后护理不当，约有3% - 5%的患者会出现局部感染情况，表现为手术部位红肿、疼痛加剧，伴有发热等症状。
面部外观改变
面部肿胀残留： 部分患者在术后可能仍存在面部不同程度的肿胀，一般来说，大部分患者肿胀会在1 - 2周内消退，但有少数患者可能肿胀消退较慢，持续1个月甚至更久，这可能与个人体质、手术创伤程度等有关。面部不对称： 由于上颌骨囊肿的位置和大小不同，手术操作可能会导致两侧面部出现不对称情况。如果囊肿较大且偏向一侧，手术切除后可能会使该侧面部组织缺失，从而造成面部左右不对称，不过这种情况通过后期的一些修复手段有一定的改善可能，但需要一定时间和相应处理。
牙齿相关问题
牙齿感觉异常： 手术过程中可能会波及临近牙齿的神经等组织，约有2% - 4%的患者术后会出现牙齿麻木、刺痛等感觉异常情况。一般这种感觉会在数月内逐渐缓解，但也有少数患者可能会持续较长时间，甚至长期存在。牙齿松动： 上颌骨与牙齿关系密切，手术对骨质的操作可能会影响牙齿的稳固性，导致部分患者术后出现牙齿松动现象。松动程度较轻的可能会在一段时间后自行恢复稳固，但如果松动较明显，可能需要进行相应的牙齿固定等处理来改善。
张口受限
短期张口受限： 术后短期内由于手术区域的肿胀、疼痛等原因，约有5% - 8%的患者会出现张口受限情况，一般在1 - 2周内随着肿胀消退和伤口恢复，张口度会逐渐恢复正常。长期张口受限： 极少数患者可能会出现长期张口受限，这可能是因为手术导致咀嚼肌等组织损伤粘连等原因引起，这种情况恢复起来相对困难，可能需要进行康复训练等干预措施来改善张口度，但往往效果不一定完全理想。