卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，其治疗方法主要包括药物治疗和手术治疗，具体治疗方法的选择需要根据患者的年龄、症状、生育需求、囊肿大小等因素综合考虑。
1.药物治疗
假孕疗法：通过使用孕激素使异位的子宫内膜蜕膜化和萎缩，缓解痛经等症状。
假绝经疗法：使用促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a），抑制卵巢功能，达到闭经的目的，使异位的子宫内膜逐渐萎缩。
2.手术治疗
保守性手术：保留卵巢功能，将囊肿剔除，适用于有生育需求的年轻患者。
半根治性手术：将子宫及双侧附件切除，适用于年龄较大、无生育需求的患者。
根治性手术：将子宫、双侧附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除，适用于病情严重、复发频繁的患者。
除了上述治疗方法外，还可以采用中医中药、介入治疗等方法。此外，患者在日常生活中需要注意调整生活方式，保持良好的心态，避免过度劳累和剧烈运动，定期复查等。
需要注意的是，卵巢巧克力囊肿的治疗方法应根据患者的具体情况制定，建议患者在医生的指导下选择合适的治疗方案。