卵巢巧克力囊肿的最佳治疗办法主要包括以下几种：
1.药物治疗：
口服避孕药：通过抑制排卵、减少月经量，缓解痛经等症状。
孕激素：可使异位的子宫内膜蜕膜化和萎缩，缓解病情。
GnRH-a：通过抑制垂体-卵巢轴，降低雌激素水平，缓解症状。
2.手术治疗：
保守性手术：保留生育功能，如卵巢巧克力囊肿剔除术。
半根治性手术：切除子宫及双侧附件，不保留卵巢功能。
根治性手术：将子宫、双侧附件及盆腔内所有的异位内膜病灶予以切除。
3.介入治疗：通过血管造影，栓塞卵巢巧克力囊肿的血管，使囊肿萎缩。
4.中医治疗：
中药调理：口服活血化瘀、软坚散结的中药，缓解症状。
针灸治疗：通过针刺穴位，调整气血，缓解疼痛。
需要注意的是，治疗方法的选择应根据患者的年龄、症状、生育要求、囊肿大小等因素综合考虑。对于有生育要求的年轻患者，多采用保守性手术或药物治疗；对于年龄较大、无生育要求的患者，多采用根治性手术。此外，患者在治疗期间应注意休息，保持良好的心态，合理饮食，定期复查。如果出现腹痛、月经失调等症状，应及时就医。