扁平疣初期的治疗方法主要包括以下几种：
1.外用药物：
维A酸乳膏：这是一种角质促成剂，具有调节表皮角质形成细胞分化、改善表皮微环境及抗炎作用，对扁平疣的治疗有一定效果。
咪喹莫特乳膏：通过诱导机体产生干扰素、白细胞介素等细胞因子而发挥抗病毒作用，对扁平疣有较好的疗效。
2.物理治疗：
冷冻治疗：利用低温作用于疣体，使组织坏死脱落，适用于扁平疣数量较少、疣体较小的情况。
激光治疗：通过激光的高温作用气化疣体，适用于扁平疣数量较少、疣体较大的情况。
3.系统治疗：
免疫调节剂：如卡介菌多糖核酸、胸腺肽等，可调节机体免疫功能，有助于扁平疣的消退。
抗病毒药物：如干扰素、阿昔洛韦等，具有抗病毒作用，可用于扁平疣的治疗。
需要注意的是，扁平疣具有传染性，治疗期间应避免搔抓疣体，以免自体接种传染。同时，要保持皮肤清洁，避免感染。如果扁平疣数量较多、疣体较大，或治疗后复发，建议及时就医，在医生的指导下进行综合治疗。此外，以上治疗方法仅供参考，具体治疗方案应根据个人情况而定。在使用任何药物或进行治疗前，最好咨询医生的建议。