同房后3天小腹隐疼不一定是怀孕，还可能是其他原因引起的。以下是一些可能的原因：
盆腔炎：盆腔炎是女性上生殖道感染引起的一组疾病，包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿和盆腔腹膜炎。炎症可局限于一个部位，也可同时累及几个部位，以输卵管炎、输卵管卵巢炎最常见。主要表现为下腹痛、阴道分泌物增多，腹痛为持续性，活动或性交后加重。
异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，习称宫外孕。以输卵管妊娠最常见。主要表现为停经后腹痛与阴道流血。异位妊娠导致的腹痛通常是一侧下腹部隐痛或酸胀感，当发生流产或破裂时，可引起一侧下腹部撕裂样疼痛。
黄体破裂：黄体破裂是妇科常见的急腹症之一，好发于14～30岁的年轻女性，因此期卵巢功能旺盛，黄体发育也比较好，容易受到外界因素的影响而发生破裂。黄体破裂的发生与性生活无关，下腹突然发生的剧烈疼痛是其主要表现，同时可能伴有恶心、呕吐等症状。
其他：同房时动作过于剧烈或姿势不当，也可能导致腹部肌肉拉伤或损伤，引起小腹隐疼。此外，膀胱炎、肠炎等也可能出现类似症状。
需要注意的是，怀孕早期也可能出现小腹隐痛，但通常还会伴有其他症状，如停经、恶心、呕吐、乳房胀痛等。如果怀疑怀孕，建议在同房后10天左右进行早孕检测，或直接到医院就诊，进行血HCG检查，以明确是否怀孕。
如果同房后3天出现小腹隐疼，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血常规等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在就医前应注意休息，避免剧烈运动和性生活，以免加重病情。
对于有生育需求的女性，如果出现备孕期间的腹痛，应及时就医，排除宫外孕等异常情况。在备孕期间，应注意保持良好的生活习惯，避免吸烟、饮酒等不良行为，同时补充叶酸，预防神经管畸形的发生。如果有其他慢性疾病，应在医生的指导下进行治疗，控制病情稳定后再备孕。