一、下丘脑性闭经
（一）精神应激
突然或长期的精神压抑、紧张、忧虑、环境改变、过度劳累、情感变化、寒冷等，均可通过下丘脑影响垂体，进而影响卵巢导致闭经。例如长期处于高强度工作压力下的女性，可能出现下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱引发闭经。
（二）体重下降和神经性厌食
中枢神经系统对体重急剧下降极为敏感，过度节食致体重急剧下降，可达正常体重的85%以下时，可引起下丘脑多种神经内分泌激素分泌改变，促性腺激素释放激素分泌受抑制，最终导致闭经。多见于青春期及年轻女性，与不健康的减肥方式等有关。
（三）运动性闭经
长期剧烈运动如长跑等，也可出现闭经，与机体能量消耗过多，导致下丘脑分泌促性腺激素释放激素减少有关。
（四）药物性闭经
长期应用某些药物可引起闭经，如吩噻嗪及其衍生物（氯丙嗪等）、利血平等，其机制是药物抑制下丘脑分泌多巴胺，致使垂体分泌催乳素增加，同时抑制促性腺激素分泌，从而导致闭经。一般在停药后3-6个月可恢复月经。
（五）颅咽管瘤
是一种位于垂体柄附近的下丘脑肿瘤，肿瘤压迫下丘脑和垂体柄，影响促性腺激素释放激素及其他下丘脑激素的分泌，导致闭经，还可伴有视力障碍、头痛等表现。
二、垂体性闭经
（一）垂体梗死
常见的为希恩综合征，由于产后大出血休克，导致垂体尤其是腺垂体促性腺激素分泌细胞缺血坏死，引起腺垂体功能低下，出现闭经、无乳、性欲减退、毛发脱落等症状，严重者可出现生殖器官萎缩等表现。
（二）垂体肿瘤
垂体催乳素瘤是最常见的垂体肿瘤，可分泌过多催乳素，抑制下丘脑促性腺激素释放激素分泌，阻断促性腺激素的合成和释放，抑制卵巢排卵，导致闭经、溢乳等表现；其他垂体肿瘤如促甲状腺激素瘤、促肾上腺皮质激素瘤等也可因影响相应激素分泌，间接导致闭经。
（三）空蝶鞍综合征
因蝶鞍隔缺损或垂体萎缩，蛛网膜下腔流入蝶鞍的脑脊液增多，蝶鞍扩大，压迫垂体，可引起高催乳素血症和闭经，部分患者可有头痛、视力障碍等表现。
三、卵巢性闭经
（一）卵巢早衰
女性40岁前由于卵巢内卵泡耗竭或被破坏，或因手术切除、放疗、化疗等致卵巢功能衰竭，出现闭经，常伴有潮热多汗、面部潮红、性欲减退等围绝经期症状，血FSH（卵泡刺激素）升高（＞40U/L），雌激素水平下降。
（二）卵巢功能性肿瘤
睾丸母细胞瘤、卵巢门细胞瘤等可分泌雄激素，抑制下丘脑-垂体-卵巢轴功能，导致闭经；颗粒-间质细胞瘤可分泌雌激素，长期雌激素刺激可使子宫内膜过度增生，而后发生不规则脱落，也可表现为闭经，但多伴有雌激素水平异常升高相关表现。
（三）多囊卵巢综合征
以高雄激素血症、持续无排卵、卵巢多囊改变为特征，患者多有月经稀发或闭经、不孕、多毛、痤疮等表现，血LH（黄体生成素）升高、LH/FSH比值增大、雄激素水平升高等。
四、子宫性闭经
（一）Asherman综合征
为子宫性闭经最常见原因，多因人工流产刮宫过度或产后、流产后出血刮宫损伤子宫内膜，导致宫腔粘连而闭经。常见于有宫腔操作史的女性，如多次人工流产后出现闭经，且可伴有周期性下腹痛。
（二）子宫内膜炎
结核性子宫内膜炎是导致子宫性闭经的常见原因，结核杆菌破坏子宫内膜，形成瘢痕组织，影响月经来潮；其他特异性或非特异性子宫内膜炎也可因内膜受损导致闭经。
（三）子宫切除后或宫腔放射治疗后
因手术切除子宫或宫腔放射治疗破坏子宫内膜，导致闭经。