肝胆内管结石临床表现多样，部分患者早期可无明显症状，常在体检时发现。而当结石引起胆管梗阻时，可出现腹痛，多为右上腹或上腹部隐痛、胀痛或绞痛。还可能伴有发热，若合并胆管炎时，体温可升高。另外，部分患者会出现黄疸，表现为皮肤、巩膜黄染。
无症状情况
部分患者肝胆内管结石较小，未对胆管造成梗阻，也未引发炎症等，所以没有明显不适症状，多在体检做B超等检查时偶然发现。这类患者需定期复查，观察结石变化情况。
腹痛表现
结石导致胆管梗阻，胆汁排出不畅，胆管痉挛，就会引发腹痛。疼痛性质可为隐痛、胀痛或绞痛，疼痛程度因人而异，有时会向右肩部或背部放射，进食油腻食物后可能加重。
发热症状
当结石引起胆管感染，出现胆管炎时，身体的免疫系统被激活，会出现发热症状。体温可呈不同程度升高，轻者体温稍高于正常，重者可达到高热。
黄疸现象
结石阻塞胆管后，胆红素不能正常排出，逆流入血，就会出现黄疸。表现为皮肤、巩膜发黄，同时尿液颜色加深，粪便颜色变浅。