艾滋病有可能出现误诊情况，有研究显示，艾滋病初筛检测的误诊率约在1%左右，但这会受到多种因素影响。
检测试剂因素导致的可能误诊
早期检测试剂问题： 早期的一些艾滋病检测试剂灵敏度和特异性有限。比如第一代检测试剂，由于其检测的抗原或抗体纯度等问题，可能会出现假阳性或者假阴性结果。例如，一些非特异性反应可能导致假阳性，让本没有感染艾滋病的人被误判为阳性；或者因为抗原抗体浓度低等情况，导致假阴性，使真正感染的人被漏诊。新型检测试剂的改进： 随着检测技术发展，第二代、第三代、第四代检测试剂不断更新。第三代酶联免疫吸附试验（ELISA）检测试剂，特异性和灵敏度有所提高，但仍存在极个别因样本处理不当等原因导致的误诊可能。而第四代检测试剂同时检测抗原和抗体，缩短了窗口期，降低了一定的误诊风险，但也不能完全杜绝误诊情况。
样本采集与检测操作因素造成的误诊
样本采集不规范： 样本采集过程中如果出现问题，比如采血部位消毒不彻底，混入其他物质干扰检测；或者采血后样本保存不当，如温度过高或过低影响样本中抗体或抗原的活性等，都可能导致检测结果异常，进而造成误诊。例如，样本在运输过程中温度超过了规定的保存温度范围，就可能使检测指标发生变化，出现假阳性或假阴性结果。检测操作失误： 在实验室检测操作时，如加样错误、孵育时间不准确、洗涤不充分等操作失误，都会影响检测结果。比如加样时多加了试剂或者少加了试剂，就会改变反应体系，导致检测结果偏离真实情况，从而造成误诊。
个体自身因素引发的误诊
免疫功能异常人群： 一些免疫功能严重低下的人群，如患有严重自身免疫性疾病正在大剂量使用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统对艾滋病病毒的反应可能异常。可能出现抗体产生不足的情况，导致检测时出现假阴性，使医生误判为未感染艾滋病；或者一些自身免疫性疾病本身产生的抗体可能与艾滋病检测试剂发生交叉反应，导致假阳性误诊。例如，系统性红斑狼疮患者可能因为自身抗体干扰艾滋病检测试剂，出现假阳性结果。感染其他病原体的干扰： 当人体感染了其他与艾滋病检测试剂有交叉反应的病原体时，也可能导致误诊。比如感染风疹病毒等，可能会使检测艾滋病的抗体出现假阳性情况。另外，一些急性发热性疾病患者，体内的免疫反应剧烈，也可能影响艾滋病检测指标，造成误诊。