艾滋病存在误诊的可能，有研究显示，早期艾滋病的误诊率约在5%~10%左右。
检测方法导致的误诊风险
抗体检测的局限性： 初期感染艾滋病时，人体免疫系统产生抗体需要一定时间，一般窗口期为2~6周。如果在窗口期内进行抗体检测，可能出现假阴性结果，导致误诊。例如，高危行为后2周内检测艾滋病抗体，很可能检测不出阳性。抗原检测的情况： 抗原检测相对抗体检测窗口期更短，但也可能存在误差。抗原检测是检测艾滋病病毒的p24抗原，其窗口期约为10~14天，不过检测技术如果不够精准，也可能出现假阳性或假阴性，造成误诊。
症状不典型引发的误诊
初期症状易混淆： 艾滋病初期可能出现发热、乏力、皮疹等非特异性症状，这些症状与普通感冒、流感等疾病的症状相似。比如，有些人感染艾滋病后出现低热，误以为是普通的着凉，没有进一步进行艾滋病检测，从而造成误诊。机会性感染表现多样： 艾滋病患者后期会出现各种机会性感染，症状复杂。例如，肺部感染可能表现为咳嗽、咳痰，容易被当作普通肺炎来治疗；肠道感染导致腹泻，也可能被误诊为肠胃炎等疾病，长期延误艾滋病的诊断。
个体差异导致的误诊
免疫力不同的影响： 免疫力较强的人感染艾滋病后，症状出现较晚且不典型，更容易被忽视。而免疫力低下的人，症状可能更严重但也可能被错误判断为其他严重疾病。比如，一位本身患有其他慢性疾病、免疫力较差的人感染艾滋病后，出现严重的感染症状，可能首先被考虑为其他重症疾病，而非艾滋病。特殊人群的情况： 儿童感染艾滋病后的表现与成人不同，儿童可能出现发育迟缓、反复感染等情况，容易被误诊为其他儿童疾病。老年人感染艾滋病后，症状可能不典型，也容易被当作老年常见病来处理，从而造成误诊。