月经完后小腹疼可能由多种原因引起。一般来说，约10%-15%的女性会在月经结束后出现小腹疼痛情况。
生理性原因
子宫内膜碎片残留：月经期间，部分子宫内膜碎片可能未完全排出，在月经结束后，子宫会收缩以排出这些残留组织，从而引起小腹疼痛，这种疼痛通常比较轻微，一般持续1-2天可自行缓解。盆腔充血未完全消退：月经期间盆腔处于充血状态，月经结束后，充血可能还会持续一段时间才完全消退，这也可能导致小腹有坠胀感或轻微疼痛，通常持续时间较短。
病理性原因
盆腔炎：如果女性本身有盆腔炎病史，月经结束后身体抵抗力相对较低，容易导致盆腔炎复发或加重，从而出现小腹疼痛，疼痛可能较为持续，还可能伴有白带增多、异味等症状。子宫内膜异位症：子宫内膜异位症患者，异位的子宫内膜可能在月经结束后仍有出血等情况，刺激周围组织引起小腹疼痛，这种疼痛可能会逐渐加重，且疼痛时间可能较长，有的患者还会伴有痛经进行性加重、不孕等情况。子宫腺肌病：子宫腺肌病患者子宫肌层内有异位的腺体，月经结束后，异位腺体仍可能有出血等反应，导致小腹疼痛，常伴有经量增多、经期延长等症状。
其他原因
肠道问题：如肠易激综合征，月经结束后身体激素水平变化可能影响肠道功能，导致肠道痉挛等，引起小腹疼痛，可能还伴有腹泻或便秘等肠道症状；另外，肠炎等肠道炎症也可能在月经结束后发作，导致小腹疼痛。泌尿系统问题：比如膀胱炎，月经结束后不注意个人卫生等，可能引发膀胱炎，出现小腹疼痛，同时可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。