灰指甲主要由皮肤癣菌等真菌感染引起，真菌可通过直接接触或间接接触传播，比如与灰指甲患者共用拖鞋、毛巾等，且在温暖潮湿的环境中更容易滋生繁殖，进而侵犯指甲导致发病。
一、皮肤癣菌感染
皮肤癣菌是引发灰指甲的常见病原体，它能分解指甲中的角蛋白，破坏指甲结构，使指甲出现变色、增厚、变形等症状。比如红色毛癣菌，常可导致指甲慢慢被侵蚀，影响指甲正常形态与功能。
二、其他真菌感染
除皮肤癣菌外，酵母菌等其他真菌也可能引起灰指甲。这些真菌同样会在指甲部位生长繁殖，改变指甲的外观和质地，造成指甲异常状况。
三、自身因素影响
自身免疫力较低的人群，如老年人、糖尿病患者等，更容易受到真菌侵袭引发灰指甲。因为免疫力不足时，身体抵御真菌的能力下降，给了真菌可乘之机。另外，长期穿不透气的鞋子，使脚部环境潮湿闷热，也利于真菌滋生，增加患灰指甲的风险。
四、指甲外伤因素
指甲受到外伤后，指甲的屏障功能受损，真菌更容易侵入。比如经常从事手工劳作导致指甲频繁受伤，或者不小心被重物砸到指甲等情况，都可能为真菌感染创造条件，进而引发灰指甲。