健康证检查一般不检查肛门。不过不同行业的健康证要求可能有差异，比如食品行业的健康证检查项目相对全面，主要包括一般体格检查、血常规、肝功能、粪便常规等，但通常也不会常规检查肛门。
食品行业健康证检查重点
体格检查方面：会检查身体的一般状况，包括体温、血压等基本指标，查看是否有明显的传染性疾病体征。血常规检查：主要是看血液中的白细胞、红细胞等指标是否正常，初步判断是否有血液系统疾病或感染等情况。肝功能检查：通过检测转氨酶等指标，了解肝脏的功能状态，因为肝功能异常可能影响食品卫生安全。
公共场所行业健康证检查情况
皮肤检查：公共场所行业接触人群较多，会检查皮肤是否有传染性的皮肤病，如疥疮、湿疹等，因为这些皮肤病可能通过接触传播影响公共卫生。呼吸道检查：查看是否有呼吸道传染性疾病，如肺结核等，防止在服务过程中传播疾病。
特殊行业健康证可能的额外情况
有些特殊行业可能会有更细致的要求，但一般也不是常规检查肛门。比如一些涉及直接接触伤口的行业，可能会更关注伤口的感染情况等，但这也不是针对肛门的检查。总体来说，健康证检查主要是围绕可能影响公共卫生安全的传染性疾病等方面进行，肛门检查并非健康证常规的检查项目。