肠镜检查一般来说副作用发生概率较低，但也可能存在一些情况。比如肠道穿孔的风险非常低，大约在万分之一左右；还有可能出现腹胀，这是因为检查时往肠道内充气导致的，通常检查结束后数小时内可自行缓解。
肠道穿孔风险
发生概率低：肠镜检查导致肠道穿孔的情况较为罕见，总体发生率约为万分之一左右。一般是在操作不熟练或者患者肠道本身存在较严重病变等特殊情况下才可能发生。高危人群需注意：比如肠道准备不佳，视野不清时盲目操作；或者患者本身有严重肠道狭窄、炎症性肠病活动期等情况，发生穿孔的风险相对会高一些，这类人群检查前医生会更谨慎评估。
腹胀不适情况
原因及缓解：检查时为了更好观察肠道黏膜，会往肠道内注入一定量气体，所以检查后部分人会出现腹胀。一般来说，检查结束后通过适当走动、轻轻按摩腹部等方式，大多在24 - 48小时内腹胀可逐渐缓解。个体差异：有些人对气体比较敏感，腹胀可能相对明显些，但通常不会有严重后果，不过如果腹胀持续不缓解且伴有腹痛加剧等情况，需及时告知医生。
出血风险情况
少量出血常见：在肠镜检查过程中，有时候会进行活检或者息肉切除等操作，这时候可能会有少量出血，一般出血量很少，大多可自行停止。比如息肉切除后，创面少量渗血是比较常见的，通常不需要特殊处理。大出血较罕见：严重的大出血情况非常少见，发生率极低。但如果患者本身有凝血功能障碍，或者操作时碰到较大血管等情况，可能会出现较严重出血，这时候需要及时采取相应治疗措施，如内镜下止血等。
感染风险情况
严格消毒降低风险：正规医疗机构会对肠镜等器械进行严格消毒，所以因肠镜检查导致感染的风险非常低。一般正规操作下，感染概率几乎可以忽略不计。特殊人群需关注：对于本身免疫功能低下的患者，相对来说感染风险可能会有一定程度增加，但只要严格遵循操作规范，这种风险还是能控制在极低水平。