肠镜检查一般来说副作用发生率较低，但仍可能存在一些情况。通常严重的副作用比较罕见，不过也有一些相对常见的情况需要了解。
肠道不适反应
腹胀： 在肠镜检查过程中，需要向肠道内充气以充分暴露肠黏膜，检查后部分人可能会出现短暂的腹胀感，一般数小时至1 - 2天内可自行缓解。腹痛： 少数人可能在检查后出现轻微腹痛，多是因为肠镜操作时对肠道黏膜有一定刺激，大多可在短时间内消失。
出血风险
少量出血： 肠镜检查时，若发现肠道内有息肉等病变并进行活检或小的治疗操作，可能会出现少量出血，一般出血量很少，通过自身凝血机制可自行止血。大出血： 这种情况非常罕见，发生率通常低于0.1%，多发生在有肠道血管畸形等特殊病变的人群中，需要及时就医处理。
穿孔风险
极低概率： 肠道穿孔是肠镜检查极罕见的严重副作用，发生率约为0.01% - 0.05%，多发生在肠道有严重狭窄、炎症性肠病活动期等特殊肠道状况的人群身上，一旦发生需要立即进行外科手术干预。
身体应激反应
心慌、头晕： 少数人在肠镜检查时可能会因为紧张等因素出现心慌、头晕等身体应激反应，特别是本身有心血管疾病等基础疾病的人群，检查前医生会充分评估并采取相应措施来降低这种风险。