吞咽口水时耳朵有咔擦声，可能是正常的生理现象，也可能与耳部疾病有关。具体原因如下：
1.正常的生理现象：
咽鼓管开放：吞咽时，会厌关闭，喉腔开放，空气经咽腔进入中耳，使鼓膜两侧压力平衡，从而出现短暂的听力改善。在这个过程中，咽鼓管开放可能会产生类似“咔擦”的声音。
耵聍移动：耵聍（耳屎）在耳道内移动时，也可能产生咔擦声。耵聍是一种由外耳道耵聍腺分泌的物质，具有保护外耳道皮肤和防止异物进入的作用。当咀嚼、吞咽或头部运动时，耵聍可能会因震动而发出声音。
2.耳部疾病：
外耳道耵聍栓塞：外耳道内耵聍分泌过多或排出受阻，可导致耵聍栓塞。当咀嚼、吞咽或头部运动时，耵聍与外耳道壁摩擦，可产生咔擦声或其他异常声音。此外，耵聍栓塞还可能导致听力下降、耳鸣等症状。
中耳炎：中耳炎是中耳黏膜的炎症，可导致中耳积液或鼓膜穿孔。吞咽时，中耳与外界的压力变化可能导致中耳内的积液流动或鼓膜振动，从而产生咔擦声或其他异常声音。中耳炎还可能伴有耳部疼痛、流脓、听力下降等症状。
其他：其他耳部疾病，如外耳道炎、鼓膜穿孔、中耳胆脂瘤等，也可能导致吞咽时耳朵出现异常声音。
如果吞咽口水时耳朵有咔擦声持续存在或伴有其他症状，如耳部疼痛、听力下降、耳鸣等，建议及时就医，进行耳部检查和听力测试，以确定具体原因并采取相应的治疗措施。此外，保持耳部清洁、避免用力擤鼻、避免长时间暴露于高分贝噪音环境等，有助于预防耳部疾病的发生。