巧克力囊肿如果不及时治疗，可能会引发一系列严重的后果，具体包括以下几个方面：
1.痛经：巧克力囊肿会导致月经期间的腹痛，并且这种疼痛可能会逐渐加重。
2.性交痛：巧克力囊肿可能会导致性交时疼痛，影响性生活质量。
3.月经失调：巧克力囊肿可能会导致月经周期紊乱、经量过多或过少等问题。
4.不孕：巧克力囊肿可能会影响卵巢的功能，导致排卵障碍或输卵管堵塞，从而增加不孕的风险。
5.恶变：巧克力囊肿有一定的恶变可能，如果不及时治疗，可能会发展为卵巢癌。
因此，如果你被诊断出患有巧克力囊肿，应及时就医，并根据医生的建议进行治疗。治疗方法包括药物治疗、手术治疗等，具体治疗方案应根据患者的年龄、症状、囊肿大小等因素而定。