沙眼衣原体感染的治疗主要依靠抗生素。一般来说，常用的抗生素有阿奇霉素等，通常可以在1-2周内起到较好的治疗效果。
常用抗生素选择
阿奇霉素：是治疗沙眼衣原体感染的常用药物之一，它通过抑制细菌蛋白质的合成来发挥杀菌作用。多西环素：也可用于治疗沙眼衣原体感染，能干扰细菌的蛋白质合成，从而达到抑菌杀菌的效果。
不同人群的注意事项
孕妇：孕妇感染沙眼衣原体需要特别谨慎用药，一般会选择对胎儿影响较小的药物，如红霉素，但使用前需咨询医生，因为红霉素可能会有一些胃肠道不适等副作用。儿童：儿童感染沙眼衣原体时，用药需严格遵循医生的指导，要选择适合儿童年龄段的药物剂型，且要密切观察用药后的反应，因为儿童的肝肾功能还未完全发育成熟，药物代谢与成人不同。
治疗期间的生活注意事项
个人卫生：在治疗期间要注意个人卫生，保持生殖器部位的清洁干燥，勤换内裤，内裤最好用开水烫洗后在阳光下暴晒，以杀灭可能存在的衣原体。避免性行为：治疗期间应避免性行为，因为沙眼衣原体可以通过性接触传播，不仅会影响自身的治疗效果，还可能传染给性伴侣。定期复查：治疗后需要按照医生的要求定期复查，一般在治疗结束后1-3周左右复查沙眼衣原体，以确定是否已经治愈，若未治愈可能需要调整治疗方案。