小便时有刺痛，可能是以下原因引起：
1.尿道炎：尿道炎是泌尿系统最常见的疾病。女性患者多见，临床上分为急性和慢性、非特异性尿道炎和淋菌性尿道炎，后两种临床表现类似，必须根据病史和细菌学检查加以鉴别。多为致病菌逆行侵入尿道引起。尿频、尿痛、尿急和血尿，急性期可有尿道分泌物，初始为黏液性，后多有量脓性分泌物。
2.膀胱炎：膀胱炎是一种常见的尿路感染性疾病，约占尿路感染总数的50%～70%。因细菌感染而引起。其致病菌多数为大肠杆菌。通常多发生于女性，因为女性的尿道比男性的尿道短，又接近肛门，大肠杆菌易侵人。膀胱炎最典型的症状是即尿频、尿急、尿痛甚至有急迫性尿失禁，可以有血尿和脓尿。
3.前列腺炎：前列腺炎是成年男性中最常见的疾病，临床上可分为急性和慢性两种。急性前列腺炎时，患者可表现为尿频、尿急、尿痛，可出现尿滴沥、终末血尿、会阴部坠胀疼痛，并可向阴部、腰骶部或大腿放射，可出现高热、寒战、头痛、全身疼痛、神疲乏力、食欲不振等症状。慢性前列腺炎时，患者可表现为尿频、尿急、尿不尽、尿线细分叉、夜尿次数增多、尿无力、排尿困难、尿道灼热、尿急、排尿疼痛、尿黄等。
4.前列腺增生：前列腺增生在中老年男性中十分常见，增生的前列腺挤压尿道，导致一系列排尿障碍症状，包括尿频、尿急、尿不尽、尿等待、尿失禁、排尿困难等。
5.尿路结石：尿路结石是最常见的泌尿外科疾病之一，男性多于女性，约4∶1。左右侧的发病率无明显差异。尿路结石在肾和膀胱内形成，上尿路结石与下尿路结石的形成机制、病因、结石成份和流行病学有显著差异。上尿路结石大多数为草酸钙结石。膀胱结石中磷酸镁铵结石较上尿路多见。
6.其他：除了上述疾病，还有其他原因也可能导致小便时有刺痛，如尿道口息肉、尿道口囊肿、包茎、包皮过长等。
总之，小便时有刺痛可能是多种疾病的症状之一，如果出现这种情况，建议及时就医，以便明确诊断并进行治疗。