新生儿乙肝疫苗第二针可能会出现以下不良反应：
1.接种部位红肿、疼痛：这是最常见的不良反应，通常在接种后1-2天内出现，可持续数小时至数天。可以用干净的湿热毛巾轻轻擦拭接种部位，避免摩擦和刺激，保持局部清洁。
2.发热：部分宝宝在接种后可能会出现发热，通常在接种后1-2天内发生，体温一般不超过38.5℃。可以给宝宝多喝水，注意休息，避免着凉。如果体温超过38.5℃，可以在医生的指导下使用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。
3.哭闹、烦躁：有些宝宝在接种后可能会出现哭闹、烦躁、易激惹等情绪反应，这可能与接种后的不适有关。可以尝试安抚宝宝，如抱抱、拍拍、哄哄等，也可以给宝宝喂奶或喂水，以缓解不适。
4.皮疹：极少数宝宝可能会出现皮疹，通常在接种后数小时至数天内出现，皮疹通常为红色斑丘疹，可分布于全身，但一般不痒。可以观察皮疹的情况，如果皮疹逐渐消退，宝宝的精神状态良好，一般不需要特殊处理。如果皮疹持续不消退或伴有其他症状，应及时就医。
5.其他：个别宝宝可能会出现过敏性休克、过敏性紫癜、血小板减少性紫癜等严重不良反应，但这些不良反应的发生率极低。如果宝宝在接种后出现严重不适，如呼吸急促、喘憋、面色苍白、口唇发紫等，应立即就医，并告知医生宝宝的接种情况。
需要注意的是，以上不良反应并不是每个宝宝都会出现，而且通常是轻微的，不需要特殊处理，会自行缓解。如果宝宝出现严重的不良反应，应及时就医，并告知医生宝宝的接种情况和症状，以便医生进行诊断和治疗。