一、生理因素导致早上起来咳嗽
（一）夜间气道分泌物积聚
睡眠时，呼吸道的纤毛运动相对减缓，气道内的分泌物不能及时有效排出，会积聚在气道中。早上醒来后，身体活动使气道内的分泌物刺激气道黏膜，引发咳嗽反射，这是较为常见的生理情况。例如，健康人在夜间也会有少量气道分泌，但一般不会引发明显咳嗽，若分泌物量稍多或纤毛功能稍有减退就可能出现早上咳嗽。不同年龄段人群都可能存在这种情况，儿童的气道相对更娇嫩，纤毛功能发育尚不完善，相对成人更易因夜间分泌物积聚出现早上咳嗽；老年人随着年龄增长，纤毛运动功能下降，也较易出现此类情况。
（二）温度变化刺激
夜间睡眠时室内温度可能与清晨室温存在差异，人体从相对稳定的睡眠环境进入温度不同的外界环境，呼吸道黏膜受到温度变化的刺激。比如冬季夜间室内较暖和，清晨室外温度低，冷空气刺激呼吸道，可引起气道痉挛或黏膜受刺激，导致早上起来咳嗽。对于婴幼儿，体温调节能力较弱，对温度变化更敏感，早上起来时温度变化可能更易引发咳嗽；老年人血管收缩舒张功能减退，对温度变化的适应能力差，也易因温度变化出现早上咳嗽。
二、疾病因素导致早上起来咳嗽
（一）上呼吸道感染恢复期
如果之前有过病毒性上呼吸道感染，在感染急性期症状缓解后，可能仍会有气道黏膜的炎症反应未完全消退。夜间睡眠时气道炎症导致的分泌物情况与生理因素中提到的类似，早上起来时炎症刺激仍存在，会引起咳嗽。儿童在上呼吸道感染恢复期出现早上咳嗽的情况较为常见，因为儿童免疫系统相对较弱，感染后恢复过程中气道黏膜修复需要一定时间；老年人身体机能衰退，感染后恢复周期可能更长，也更易在恢复期出现早上咳嗽。
（二）过敏性鼻炎引发
过敏性鼻炎患者接触过敏原后，鼻腔分泌物会增多，夜间睡觉时分泌物可能倒流至咽喉部，早上起来后体位改变等因素刺激咽喉部，引发咳嗽。常见过敏原如室内尘土、螨虫、花粉等。儿童由于经常在室内活动，接触室内过敏原的机会较多，患过敏性鼻炎的概率相对较高，也就更易因过敏性鼻炎导致早上起来咳嗽；老年人如果有过敏体质，也可能因接触外界过敏原引发过敏性鼻炎进而出现早上咳嗽。
（三）慢性支气管炎
慢性支气管炎患者气道存在慢性炎症，支气管黏膜充血、水肿，腺体分泌增多。夜间睡眠时，分泌物在气道内积聚，早上起床后，身体活动使气道内的分泌物流动，刺激气道引发咳嗽，且咳嗽往往伴有咳痰，痰液一般为白色黏液或浆液泡沫性。老年人是慢性支气管炎的高发人群，因为老年人呼吸道黏膜退行性变，防御功能下降，易受各种因素刺激引发慢性炎症；儿童患慢性支气管炎相对较少，但如果有长期接触有害气体等情况也可能发生，儿童患慢性支气管炎时，由于其气道较窄，咳嗽症状可能相对更明显，且需要更谨慎对待，因为儿童的呼吸系统发育尚未成熟。
（四）胃食管反流病
夜间睡眠时，体位处于平卧位，胃酸可能反流至食管上段，刺激咽喉部，引起咳嗽。胃食管反流病患者早上起来咳嗽可能较为明显。老年人由于食管下括约肌功能减退，更容易出现胃食管反流；儿童发生胃食管反流导致早上咳嗽的情况相对较少，但如果有先天性食管发育异常等情况也可能存在，儿童胃食管反流时需注意与其他原因引起的咳嗽相鉴别，因为儿童的消化系统发育特点与成人不同。
三、其他因素导致早上起来咳嗽
（一）环境因素
室内空气污染，如吸烟产生的烟雾、装修材料释放的有害气体等，会刺激呼吸道黏膜，导致早上起来咳嗽。长期处于污染环境中的人群，无论是儿童、成年人还是老年人，都易受影响。例如，家庭中有吸烟者，儿童长期吸入二手烟，呼吸道受到的刺激更大，更易出现早上咳嗽；新装修的房屋如果没有充分通风就入住，室内有害气体浓度高，居住者包括各年龄段人群都可能因环境因素出现早上咳嗽。
（二）职业因素
长期接触粉尘、化学物质等职业环境的人群，如煤矿工人、化工行业从业者等，呼吸道长期受到职业性刺激，气道黏膜受损，早上起来时可能因气道内的刺激因素存在而咳嗽。不同职业人群接触的刺激物不同，儿童一般较少涉及职业因素导致的早上咳嗽，但如果有家长从事相关职业，接触的有害物质可能通过衣物等携带回家影响儿童；老年人如果有长期职业暴露史，也更易因职业因素导致呼吸道问题进而出现早上咳嗽。