后脑勺偏头痛建议病人进行头部CT和核磁检查，排除后颅窝的占位性疾病以及脑血管疾病导致的。后颅窝的功能性头痛可以给予病人针灸来缓解，还可以配合非甾体类抗炎药，比如布洛芬、对乙酰氨基酚，也可以给予病人口服米格来宁、麦角胺制剂以及中成药的镇脑宁胶囊、正天丸等。
必要时还可以给予病人口服曲普坦类止痛药，比如舒马曲坦等。后脑勺偏头痛还可以采取中医、中药的办法，给予病人中药汤剂以及针灸，刮痧和揪痧对后脑勺偏头痛也能起到缓解作用。
如果病人是着凉引起的后脑勺偏头痛，必要时还可以给予中药热奄包治疗，临床上也可以得到明显缓解。同时建议病人饮食上要清淡，避免辛辣、刺激的食物。