卵巢囊肿的治疗需根据囊肿性质、大小等因素综合判断。一般来说，直径小于5厘米且无症状的生理性囊肿，有可能在2-3个月经周期内自行消失，可不做特殊处理，定期复查即可，复查间隔通常为3-6个月。
生理性囊肿的观察随访
无异常症状的小囊肿： 对于直径小于5厘米的生理性卵巢囊肿，如黄体囊肿等，很多情况下不需要马上治疗，只要定期进行超声检查监测囊肿变化就行。一般建议每隔3-6个月做一次B超，观察囊肿大小、形态等有无改变。囊肿持续存在或有变化时： 如果经过几个月经周期复查，囊肿持续存在或者有增大趋势，那就需要进一步评估，考虑是否需要干预。
病理性囊肿的手术治疗
囊肿较大或有恶变倾向时： 当卵巢囊肿直径大于5厘米，或者怀疑是病理性囊肿（如巧克力囊肿、囊腺瘤等），通常需要手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等。腹腔镜手术是微创手术，具有创伤小、恢复快等优点，一般术后住院3-7天左右就能恢复。针对不同病理性囊肿的手术选择： 比如巧克力囊肿，手术要尽量剥除囊肿，但有可能复发；对于卵巢囊腺瘤，手术需切除患侧卵巢或根据情况做囊肿剥除等。
药物辅助治疗情况
子宫内膜异位症相关囊肿： 对于子宫内膜异位症引起的卵巢巧克力囊肿，在手术后可能会使用药物辅助治疗，像口服避孕药等，目的是抑制子宫内膜异位症的复发，一般需要连续服用3-6个月左右的药物。炎症性囊肿： 如果是炎症导致的卵巢囊肿，可能会短期使用抗生素等药物辅助治疗，但这只是辅助手段，最终可能还是需要根据囊肿情况考虑手术等进一步处理。