经期同房后小腹疼痛可能是由于以下原因引起：
1.经期同房，男性生殖器可能会把细菌带入阴道内，经血是细菌等微生物的良好培养基，细菌极易滋生，沿子宫内膜内许多微小伤口和破裂的小血管扩散，感染子宫内膜，甚至可累及输卵管和盆腔器官，从而给女方带来不必要的麻烦。
2.月经期间，子宫内膜脱落，宫腔内有新鲜创面，子宫颈口扩张。同房时，男性生殖器可能会把细菌带入阴道内，经血是细菌等微生物的良好培养基，细菌极易滋生，沿子宫内膜内许多微小伤口和破裂的小血管扩散，感染子宫内膜，甚至可累及输卵管和盆腔器官，从而引起盆腔炎，出现腹痛。
3.经期同房，由于性冲动时子宫收缩，还可能将子宫内膜碎片挤入盆腔，引起子宫内膜异位症，导致不孕症的发生。
因此，经期应避免同房，如出现经期同房后小腹疼痛，建议及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。