一般来说，胃肠镜检查是有可能发生交叉感染的。因为在进行胃肠镜检查时，内镜需要通过口腔或肛门进入体内，与患者的消化道黏膜直接接触。如果检查过程中操作不当，或者没有严格遵守消毒和隔离措施，就有可能导致病原体在患者之间传播。
但是，这种交叉感染的风险可以通过严格的消毒和隔离措施来降低。目前，大多数医疗机构都采用了严格的消毒和隔离标准，包括对内镜进行彻底的清洗、消毒和灭菌，以及对患者进行严格的术前准备和个人防护。
此外，对于一些特殊人群，如免疫功能低下的患者、患有传染病的患者等，医疗机构会采取更加严格的感染控制措施，以确保他们的安全。
因此，如果你需要进行胃肠镜检查，建议选择正规的医疗机构，并告知医生你的健康状况和病史。同时，医疗机构也应该严格遵守消毒和隔离标准，以保障患者的安全。
总之，胃肠镜检查可能会发生交叉感染，但这种风险可以通过严格的消毒和隔离措施来降低。如果你对胃肠镜检查的安全性有任何疑问，可以咨询医生或医疗机构的感染控制部门。