肛瘘通常很难不做手术自愈，一般来说大部分肛瘘需要手术治疗。只有少数非常早期、症状很轻且医生评估后认为可以尝试保守治疗的情况，但保守治疗也很难彻底治愈肛瘘，且复发几率较高。
保守治疗的局限性
药物缓解症状： 可以使用一些外用药物来减轻肛瘘发作时的红肿、疼痛等症状，比如高锰酸钾溶液坐浴，一般建议每天坐浴1 - 2次，每次15 - 20分钟，能起到清洁、消炎的作用，但这只是暂时缓解症状，并不能根治肛瘘。抗生素应用： 当肛瘘出现急性感染发作时，可能会使用抗生素来控制感染，常用的有头孢类抗生素等，但抗生素只能短期控制炎症，无法从根本上解决肛瘘问题，停药后容易复发。
手术治疗的必要性
手术方式选择： 肛瘘的手术方法有很多种，比如瘘管切开术，适用于单纯性低位肛瘘；挂线疗法，多用于高位肛瘘，通过橡皮筋缓慢切割瘘管，对括约肌损伤较小，一般挂线后7 - 10天橡皮筋会脱落。手术的目的是切开或切除瘘管，形成开放的创面，促进愈合，从而彻底治愈肛瘘。手术效果： 正规手术治疗后，大部分患者可以达到治愈的效果，复发率相对较低。如果不及时手术，肛瘘可能会反复发作，炎症反复刺激还可能导致肛瘘复杂化，增加治疗难度。
不手术的风险
反复发作： 肛瘘如果不做手术，会反复出现流脓、肿痛等症状，严重影响患者的生活质量，比如影响日常行走、坐立等，还会让患者长期处于病痛折磨中。病情加重： 随着时间推移，肛瘘可能会向周围组织蔓延，形成多个瘘管，变成复杂性肛瘘，这时候手术难度会增大，术后恢复时间也会延长，对身体的创伤也会更大。