咳嗽时能否接种疫苗不能一概而论，一般来说，轻微咳嗽且无其他严重不适的情况下可以接种灭活疫苗等，但如果是剧烈咳嗽伴有发热等严重症状时则不建议接种。
非感染性轻微咳嗽的情况
普通感冒引起的轻微咳嗽：如果只是因普通感冒导致的轻微咳嗽，没有发热等其他严重症状，通常可以接种灭活疫苗等常规疫苗。因为普通感冒引起的轻微咳嗽一般不影响疫苗的免疫效果，也不会加重疫苗的不良反应。过敏性咳嗽：对于只是因过敏因素引起的轻微咳嗽，如接触花粉等过敏原后出现的偶尔咳嗽，在病情稳定且没有急性发作时，可以考虑接种疫苗。但要提前告知医生过敏情况。
感染性咳嗽较严重的情况
细菌感染导致的剧烈咳嗽：如果是细菌感染引起的剧烈咳嗽，同时伴有高热等明显感染症状，这时候身体处于比较严重的应激状态，接种疫苗可能会加重身体的不适反应，也可能影响疫苗的免疫应答，所以不建议此时接种疫苗，需要等感染得到控制、咳嗽等症状明显缓解后再考虑接种。病毒感染引起的严重咳嗽：若是病毒感染引发的严重咳嗽，比如流感病毒导致的剧烈咳嗽并伴有高热、精神萎靡等情况，此时人体免疫力低下，接种疫苗可能无法正常产生免疫反应，还可能使原有病情加重，这种情况下不适合接种疫苗，应先积极治疗病毒感染，待病情好转后再评估是否能接种。
特殊人群咳嗽时的接种情况
儿童咳嗽：儿童如果只是轻微咳嗽，精神状态良好，饮食睡眠正常，一般可以接种疫苗。但如果是儿童咳嗽伴有发热，体温超过38.5℃，或者咳嗽剧烈影响到正常生活，这时候就不建议接种，要等孩子体温恢复正常、咳嗽缓解后再接种。孕妇咳嗽：孕妇出现咳嗽情况时，如果是轻微的上呼吸道感染引起的咳嗽，没有其他严重不适，可以在医生评估后考虑接种灭活流感疫苗等。但如果是咳嗽伴有严重的肺部感染等情况，则不适合接种疫苗，需优先治疗孕妇的咳嗽相关疾病。