肾穿刺是一种有创检查，一般来说风险较低，但也可能存在一些危害。总体而言，肾穿刺的严重危害发生概率较低，大约在1%左右，但仍需了解可能出现的情况。
出血风险
肾周血肿： 穿刺后可能出现肾周血肿，多数较小的血肿可自行吸收，一般1 - 2周内可恢复。但少数较大的血肿可能会引起腰痛、血尿加重等情况，此时可能需要进一步处理。血尿： 几乎所有患者穿刺后都会出现血尿，通常为镜下血尿，少数为肉眼血尿，一般1 - 3天内会逐渐消失。
感染风险
肾脏感染： 虽然发生概率较低，约为0.5%左右，但一旦发生肾脏感染，可能会出现发热、腰痛等症状，需要使用抗生素进行治疗，严重时可能需要住院抗感染治疗。其他部位感染： 极个别情况下可能会引起全身其他部位的感染，不过这种情况非常罕见。
损伤周围组织风险
损伤输尿管： 穿刺时有可能损伤输尿管，不过这种情况发生概率极低，一旦发生可能会出现相应的泌尿系统症状，需要根据具体情况进行处理。损伤肠道： 非常罕见，一般在有肠道疾病史或者解剖结构特殊的情况下才有可能发生，若损伤肠道可能会引起腹痛、腹胀等肠道相关症状。