脑干梗死同脑梗死的治疗一样，如果在时间窗内发病的4个半小时之内，可以考虑溶栓治疗，个别后循环的脑干梗死，溶栓的时间窗可以放宽至6小时，急性期可以给予患者溶栓治疗。
如果患者超过了溶栓的时间窗，可以给予患者降纤，降低血里的纤维蛋白原治疗，同时配合，活血化瘀、改善微循环、清除氧自由基脑保护的治疗。
脑干包括脑桥、中脑和延髓，其中延髓的梗死比较危险，因为生命的中枢在延髓，如果梗塞面积比较大，水肿严重的时候患者可以出现突然的呼吸、心跳停止，所以对于延髓梗死急性期要给予积极的脱水、预防感染、抗血小板聚集、抗凝或者降纤的治疗。