疱疹性咽峡炎和手足口病的区别主要体现在以下几个方面：
1.病因：
疱疹性咽峡炎：主要由柯萨奇A组病毒引起，偶尔也有其他肠道病毒引起。
手足口病：肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇A组16型（CVA16）最为常见，其他肠道病毒也可引起。
2.症状：
疱疹性咽峡炎：起病急，主要表现为发热、咽痛、咽峡部黏膜小疱疹和浅表溃疡。多数为低热或中等度发热，部分患儿可出现高热，甚至惊厥。
手足口病：大多数患儿症状较轻，可伴有或不伴有发热。主要表现为手、足、口腔等部位的皮疹或疱疹，少数患儿可出现无菌性脑膜炎、脑炎、急性弛缓性麻痹、神经源性肺水肿等并发症。
3.传染性：
疱疹性咽峡炎：传染性较强，主要通过粪-口途径传播，也可通过呼吸道飞沫传播。
手足口病：传染性更强，传播途径与疱疹性咽峡炎相似，还可通过接触患者的鼻咽分泌物、唾液、疱疹液、粪便，以及接触被污染的玩具、奶瓶、餐饮具等物品传播。
4.预后：
疱疹性咽峡炎：一般预后良好，病程多在1周左右。
手足口病：大多数患儿预后良好，但少数患儿可能会并发心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等，甚至导致死亡。
需要注意的是，疱疹性咽峡炎和手足口病的症状有时可能会相似，且两种疾病可同时流行。如果怀疑孩子患有这两种疾病，应及时就医，以便明确诊断并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持孩子的个人卫生，勤洗手，避免与患儿密切接触，以预防感染。