疱疹性咽峡炎和手足口病有以下区别：
一、病因不同：
1.疱疹性咽峡炎主要由柯萨奇病毒、埃可病毒引起，1至7岁儿童更常见且传染性较强。
2.手足口病由肠病毒引起，如柯萨奇病毒A16型和肠病毒71型，5岁以下儿童常见且传染性更强。
二、传播途径不同：
1.疱疹性咽峡炎可通过肠道、呼吸道或与受污染食物和衣物间接传播。
2.手足口病主要通过消化道、呼吸道或密切接触传播。
三、症状不同：
1.疱疹性咽峡炎的疱疹位于口腔内，主要集中在咽后壁、颚弓、扁桃体部位，一般不累及口腔前半部，手心、脚心、肛周也无疱疹。
2.手足口病除口腔黏膜疹外，手、足及臀部可见疱疹或玫瑰色斑丘疹。
此外还有其他区别，如潜伏期不同、并发症不同、治疗不同等。平时应注意个人卫生，勤洗手、勤洗澡。疱疹性咽峡炎与手足口病通常都会引起发热，若持续高热不退且病程超过3天，需及时前往医院小儿感染科，完善血常规、血生化等相关检查，明确诊断后遵医嘱进行针对性治疗。
总结：疱疹性咽峡炎和手足口病在病因、传播途径、症状等方面存在差异，出现相关症状持续不缓解要及时就医检查和治疗。同时要注意个人卫生预防疾病。