月经干净三天后出血，可能是以下原因引起：
1.排卵期出血：如果出血量较少，出血时间短，可能是排卵期出血。这是由于排卵后雌激素水平下降，引起子宫内膜部分脱落所致。一般无需特殊处理，注意休息和卫生即可。
2.子宫内膜息肉：子宫内膜息肉是一种常见的妇科病，可能导致月经间期出血、经量增多、经期延长等症状。通常需要进行宫腔镜检查和手术治疗。
3.子宫肌瘤：子宫肌瘤是子宫平滑肌组织增生形成的良性肿瘤，可能影响子宫收缩，导致月经干净后出血。较小的肌瘤一般不需要治疗，定期复查即可；较大的肌瘤或引起明显症状的肌瘤，可能需要手术治疗。
4.子宫内膜炎：子宫内膜炎是子宫内膜的炎症，可能导致阴道分泌物增多、腹痛、月经异常等症状。需要使用抗生素进行治疗。
5.其他：内分泌失调、放置宫内节育器、宫颈癌、子宫内膜癌等也可能引起月经干净后出血。
总之，月经干净后出血的原因较多，需要及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项、诊断性刮宫等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。此外，需要注意的是，一些全身性疾病，如血小板减少性紫癜、再生障碍性贫血等，也可能导致阴道出血，需要排除这些疾病。如果有性生活，还需要排除怀孕相关的问题。
总之，对于月经干净后出血的情况，需要引起重视，及时就医，以便早期诊断和治疗。同时，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免过度劳累和剧烈运动。