月经干净三天后同房出血，可能由多种原因引起。一般来说，这种情况可能与宫颈因素、宫腔因素等有关。比如，约有10% - 15%的女性可能因宫颈病变出现同房后出血情况。
宫颈方面的原因
宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈组织增生形成的赘生物，质地比较脆弱，同房时容易受到摩擦而出血。通常宫颈息肉是良性病变，但如果息肉较大或反复出血，可能需要手术摘除。宫颈炎：急性宫颈炎可能导致宫颈充血、水肿，同房时刺激宫颈就会引起出血。慢性宫颈炎也可能存在类似情况，患者可能还伴有白带增多、发黄等症状。
宫腔方面的原因
子宫内膜病变：比如子宫内膜息肉，子宫内膜局部过度生长形成息肉，同房刺激后可能引起出血。另外，子宫内膜癌也可能导致这种情况，但相对来说子宫内膜癌引起同房后出血的情况相对少见，不过也需要引起重视。一般子宫内膜癌多见于围绝经期及绝经后女性。节育环影响：如果女性放置了节育环，节育环可能会对子宫内膜产生刺激，在月经干净后短时间内同房，也可能引起子宫收缩，导致少量出血。
其他可能因素
阴道损伤：同房时如果动作过于粗暴，可能会导致阴道黏膜损伤而引起出血，这种情况一般出血量可能相对较少，但会有疼痛等不适。比如在初次同房时，处女膜破裂也会导致出血，但那是第一次的情况，而这里说的是月经干净三天后同房出血，原因不同。内分泌失调：如果体内雌激素水平波动较大，可能会影响子宫内膜的状态，在月经干净后同房也可能出现少量出血情况。比如长期熬夜、精神压力大等可能导致内分泌失调。