肛瘘主要症状有肛周反复流脓，据统计，约70% - 80%的肛瘘患者会出现这种情况，脓液多少因瘘管长短、复杂程度而异，新形成的肛瘘流脓较多，脓液呈脓性、血性等。
肛周肿痛表现
急性发作时肿痛明显：当肛瘘内口感染，炎症扩散时，会出现肛周肿痛，这种肿痛多为持续性，活动后可能加重。一般来说，急性发作期肿痛感较为剧烈，患者会感觉坐立不安。慢性期也有隐痛：在肛瘘慢性期，也可能有隐痛，瘘管引流不畅时，隐痛会更明显，有时可摸到皮下硬索条，是瘘管纤维化的表现。
瘙痒情况说明
肛周瘙痒常见：由于肛瘘流脓不断刺激肛周皮肤，会引起肛周瘙痒，有的患者瘙痒还比较严重，经常忍不住去搔抓。长期搔抓可能会导致肛周皮肤破损、增厚等改变。皮肤改变明显：因为长期受脓液刺激，肛周皮肤可出现湿疹样改变，皮肤潮红、粗糙，有脱屑等情况。
全身症状体现
炎症较重时有发热：当肛瘘发生急性感染，炎症扩散，身体会出现炎症反应，部分患者会有发热症状，体温可在38℃左右，严重时可能更高。长期患病有消瘦：如果肛瘘病程较长，患者可能会出现消瘦情况，因为长期脓液流出，身体营养消耗，加上炎症影响食欲等，会导致体重下降。