肛瘘主要症状有肛周反复流脓，多数患者会发现肛门周围有一个或几个外口，间断或持续流出少量脓性、血性、黏液性分泌物，外口周围皮肤常因分泌物刺激而瘙痒、潮湿，有时形成湿疹。一般病程较长，若不及时治疗，可能会反复发作。
肛周疼痛表现
间歇性疼痛： 肛瘘平时疼痛不明显，但当脓液引流不畅，导致瘘管内压力增高时，会出现间歇性的胀痛或跳痛。比如当脓液积聚在瘘管内，刺激周围组织，就会引发这种疼痛，尤其在行走、坐立等活动时可能会感觉明显。不同部位肛瘘疼痛特点： 低位肛瘘疼痛相对较明显，因为其瘘管位置表浅，靠近肛门周围皮肤，炎症刺激更容易被感知；高位肛瘘疼痛相对较轻，但可能会有深部的坠胀感。
肛周瘙痒情况
瘙痒原因： 由于肛瘘不断有分泌物流出，这些分泌物会刺激肛周皮肤，导致患者感觉肛门周围瘙痒难耐。分泌物可能是脓性、血性或黏液性的，长期刺激会使肛周皮肤潮湿、发红，进而加重瘙痒。瘙痒程度差异： 病情较轻时，瘙痒可能是偶尔出现；随着病情发展，分泌物增多，瘙痒会变得频繁且程度加重，严重影响患者的日常生活和睡眠。
全身症状表现
感染时发热： 当肛瘘发生急性感染时，患者可能会出现发热症状，体温一般在38℃左右，也可能更高。这是因为细菌感染导致身体出现炎症反应，引发发热。比如肛瘘外口暂时闭合，脓液积聚在瘘管内无法排出，就容易引起感染，从而出现发热、寒战等全身症状。长期患病致身体虚弱： 长期患有肛瘘的患者，由于反复流脓、疼痛以及身体不断消耗，可能会出现身体虚弱、消瘦、精神不振等情况。身体抵抗力下降，还可能容易合并其他感染性疾病。