怀孕45天看不见孕囊可能有以下原因：
1.受孕时间晚：虽然末次月经是怀孕的起始时间，但实际受孕时间可能比末次月经晚，孕囊还没有发育到能被看见的程度。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，孕囊无法在子宫内正常发育，所以在怀孕45天时可能看不到孕囊。
3.生化妊娠：指精卵结合后有人绒毛膜促性腺激素分泌，但受精卵却未在子宫内着床，随着月经一起流产的现象。
4.胚胎发育不良：如果孕囊的发育比实际孕周小，可能是胚胎发育不良的表现。
5.其他：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等子宫疾病，或黄体功能不足、甲状腺功能减退等内分泌疾病，也可能影响孕囊的发育。
需要注意的是，这些只是一些可能的原因，具体情况需要结合其他检查结果和临床症状综合判断。如果对孕囊的情况有疑虑，建议及时咨询医生，医生可能会建议进行进一步的检查，如血HCG检测、孕酮检测、B超检查等，以明确诊断。如果确诊为宫外孕，需要及时治疗，以避免发生危险；如果是其他原因导致的孕囊看不见，医生会根据具体情况给出相应的建议和处理方案。
在等待检查结果和进一步治疗期间，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持良好的心态。如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。