舒肝和胃丸与舒肝健胃丸的成分、功效、主治病症均有所不同，因此无法直接比较哪种药物更好。具体选择哪种药物，应根据个人体质、病症等因素决定。
舒肝和胃丸具有舒肝解郁、和胃止痛的功效，主要成分有醋香附、白芍、佛手、木香、郁金、白术（炒）、陈皮、柴胡、广藿香、炙甘草、莱菔子、槟榔等。适用于治疗肝胃不和导致的两胁胀满、胃脘疼痛、食欲不振、呃逆呕吐、大便失调。
舒肝健胃丸具有疏肝开郁、导滞和中的功效，主要成分有厚朴、青皮、陈皮、枳壳、槟榔、牵牛子、陈皮、延胡索、白芍、柴胡、香附、郁金、鸡内金、五灵脂、牵牛子等。适用于治疗肝郁犯胃导致的脘腹胀满、胃脘疼痛、嘈杂呕吐、便秘、胁肋胀痛。