一、药物组成差异
舒肝和胃丸主要由白芍、白术（炒）、陈皮、柴胡、醋香附、醋乌药、当归、瓜蒌皮、茯苓、木香、清半夏、炙甘草等药物组成；舒肝健胃丸则包含柴胡（醋制）、香附（醋制）、香橼、槟榔、牵牛子（炒）、青皮（醋炒）、陈皮、枳壳（炒）、厚朴（姜制）、檀香、豆蔻、延胡索（醋炒）、五灵脂（醋炒）、大黄等药物。
二、功能主治区别
舒肝和胃丸：功能为疏肝解郁、和胃止痛，主治肝胃不和、两胁胀满、胃脘疼痛、食欲不振、呃逆呕吐、大便失调等病症，侧重于调理肝胃气机，缓解因肝胃气滞引起的消化系统不适。
舒肝健胃丸：功能为疏肝开郁、导滞和中，适用于肝胃不和引起的胃脘胀痛、胸胁满闷、呕吐吞酸、腹胀便秘等，更强调对肝胃气滞兼食积停滞情况的调理。
三、适用人群特点
舒肝和胃丸：适用于肝郁气滞、肝胃不和导致胃脘不适、消化功能受影响的人群，尤其适合以胃部疼痛、胀满、食欲不振等为主要表现且属肝胃不和证型者。
舒肝健胃丸：适用于存在肝胃不和同时伴有食积停滞，出现腹胀、便秘、呕吐酸水等情况的人群，更针对有食积表现的肝胃不和患者。
四、特殊人群注意事项
孕妇：舒肝和胃丸孕妇使用需谨慎，因其药物组成中部分成分可能对妊娠有潜在影响；舒肝健胃丸一般明确孕妇禁用，避免对胎儿产生不良影响。
儿童：低龄儿童应避免随意使用这两种药物，如需使用需在医生指导下，充分评估儿童的体质、病情等情况后谨慎应用，因为儿童的肝肾功能等发育尚未完全成熟，药物代谢等与成人有差异。
老年人群：老年人体质多有不同程度衰退，使用时需关注药物对肝肾功能的影响，若有基础肝肾功能疾病，应在医生评估后决定是否使用及调整用药方案，因为老年人对药物的耐受和代谢能力可能下降。